한기윤은 해당 개정안이 2019년 헌법재판소의 형법상 낙태죄 헌법불합치 결정에 따른 후속 입법이라고 설명되고 있으나, 실제로는 헌재 결정의 핵심 취지인 태아 생명 보호 원칙을 훼손하고 있다고 주장했다. 협회는 개정안이 낙태 허용 사유와 임신 주수 제한을 모두 삭제해 사실상 제한 없는 낙태를 허용하는 법안이라고 비판했다.
특히 개정안에 임신 주수 제한 규정이 없다는 점을 문제 삼으며, 이로 인해 임신 후반기나 출산 직전까지도 낙태가 제도적으로 가능해질 수 있는 위험이 있다고 지적했다. 또한 상담제도와 상담확인서 제도가 생명 보호를 위한 장치라기보다 낙태를 위한 행정 절차로 변질될 우려가 크며, 상담 기록의 전산 관리로 인한 개인정보 유출 가능성도 제기했다.
미성년자 관련 조항에 대해서도 우려를 나타냈다. 한기윤은 16세 이상 미성년자가 부모 동의 없이 상담확인서만으로 낙태를 받을 수 있도록 한 규정이 부모의 보호 책임을 약화시키고, 성범죄나 착취를 은폐하는 통로로 악용될 가능성이 있다고 밝혔다.
의료인의 양심과 윤리 문제도 주요 쟁점으로 언급됐다. 협회는 개정안이 의료인에게 낙태 시술의 의무만을 부과하면서, 양심에 따른 진료 거부권이나 대체 의료기관 안내에 대한 법적 보호 장치를 마련하지 않았다고 비판했다.
아울러 국가 재정이 낙태 관련 상담 및 행정 체계 구축에 우선 투입될 수 있다는 점에 대해서도 문제를 제기하며, 국가의 재정은 임신을 유지하고 출산과 양육을 지원하는 방향으로 사용돼야 한다고 강조했다.
한기윤은 성명을 통해 △낙태 허용 사유와 임신 주수 제한의 명확한 법적 규정 △태아 생명 보호 원칙의 법문화 △숙려기간을 포함한 상담제도 재설계 △의료인의 양심적 진료거부권 보장 △미성년자에 대한 보호자 동의 원칙 회복 등을 요구했다.
협회는 “이번 개정안은 태아 생명을 보호하는 법적 기준을 크게 약화시키고, 낙태를 단순한 행정 절차로 제도화함으로써 생명윤리와 사회의 기본 가치 체계를 흔들 수 있다”며 “생명을 보호하고 약자를 지키는 국가의 기본 책임을 고려해 법안에 대한 근본적인 수정이 이뤄져야 한다”고 밝혔다.
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